perl生成特定碱基比例的随机序列的代码
更新时间：2013年03月01日 11:24:56 作者：
怎么用perl程序，随机生成一条序列，使ACGT四种碱基的含量分别为0.3，0.3，0.2，0.2！
方法一（不使用模块，by agonyr）
复制代码 代码如下:
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
my @seq = ( "A", "T", "C", "G" );
my $length = 10000;
undef my %hash;
$hash{"A"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"C"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"G"} = int( $length * 0.2 );
$hash{"T"} = int( $length * 0.2 );
my $i = 0;
while ( $i 《 $length ) {
my $word = $seq[ rand(@seq) ];
if ( $hash{$word} ) {
print "$word";
$i++;
}
$hash{$word}--;
}
print "n";
方法二（使用模块，by yixf）
复制代码 代码如下:
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use BioX::SeqUtils::RandomSequence;
my $randomizer = BioX::SeqUtils::RandomSequence-》new(
{
l =》 10000,
s =》 1,
y =》 "dna",
a =》 3,
c =》 3,
g =》 2,
t =》 2
}
);
print $randomizer-》rand_seq(), "n";
两种方法比较
设定长度为10000，ACGT的比例为3:3:2:2。
复制代码 代码如下:
withoutModule Length=10000 GC=49.42% A=2558,C=2503,G=2439,T=2500,Others=0
withModule Length=10000 GC=50.00% A=3000,C=3000,G=2000,T=2000,Others=0
相关文章
perl特殊符号及默认的内部变量，有需要的朋友不妨参考下2013-02-02
这篇文章主要介绍了Perl学习笔记之文件操作,本文分别给出了打开文件、读取文件、写入文件代码实例,需要的朋友可以参考下2015-06-06
这篇文章主要介绍了Perl脚本实现递归遍历目录下的文件,本文直接给出实现代码,代码中包含明细注释,需要的朋友可以参考下2015-04-04
这篇文章主要介绍了在EditPlus中配置Perl开发编译环境,配置起来蛮简单,适合小型开发环境,需要的朋友可以参考下2015-06-06
Perl字符串处理学习备忘录，包括chop和chomp函数、getc函数、拼接字符串、分割字符串、重复拼接字符串、字串替换等。有需要的朋友，可以参考下2013-02-02
正则表达式是Perl语言的特色，基本的语法不是很难，但是编写一个符合需求、高效的正则表达式，还是有一些挑战的。下面这篇文章主要给大家介绍了关于强大的Perl正则表达式的相关资料，需要的朋友可以参考借鉴，下面来一起看看吧。2017-11-11
这篇文章主要介绍了perl中的字符串操作函数chomp与chop介绍,chomp与chop都是用于去除字符串变量尾部的字符，但它们有各自的区别,需要的朋友可以参考下2015-02-02
这篇文章主要介绍了Perl读写文件简单示例,本文直接给出实现代码,需要的朋友可以参考下2015-04-04
这篇文章主要介绍了python urllib中的编码处理示例,本文直接给出几个处理实例,需要的朋友可以参考下2015-04-04
在Perl排名持续下降的情况下学Perl，似乎是有点不明智。但是，工作需要，不得不学啊。再说，Perl现在在测试领域还是用得非常多的。Phython虽然也在测试领域开始活跃起来，不过我始终还是不太喜欢Phython的语法。2009-04-04
最新评论