Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件

 更新时间:2015年06月21日 16:22:09   转载 投稿:junjie  
这篇文章主要介绍了Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件,通过本例主要学习遍历目录下文件的方法,需要的朋友可以参考下
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015

@author: chaofn
"""
import os

"""
这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目录中的所有文件(一共有215个文件)
批处理
将pdb文件生成dssp文件

"""
#listdir返回文件名的列表
fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb')
#遍历整个列表
for i in range(len(fileLine)-1):
  #将字符串用变量表示
  input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i]
  #先去掉文件名的后缀,然后形成后缀为dssp的文件名
  out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp'
  output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file
  #注意:参数的传递(先是%s,然后是%变量名),多个变量的传入要用元组表示,在元组前用%
  os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))

相关文章

  • python切片及sys.argv[]用法详解

    python切片及sys.argv[]用法详解

    Sys.argv[]是用来获取命令行参数的,sys.argv[0]表示代码本身文件路径,所以参数从1开始。下面通过实例代码给大家介绍python切片及sys.argv[]用法,需要的朋友参考下吧
    2018-05-05
  • Python实现简单过滤文本段的方法

    Python实现简单过滤文本段的方法

    这篇文章主要介绍了Python实现简单过滤文本段的方法,涉及Python针对文本的读取及字符串遍历、判断、打印等相关操作技巧,需要的朋友可以参考下
    2017-05-05
  • 使用python socket分发大文件的实现方法

    使用python socket分发大文件的实现方法

    今天小编就为大家分享一篇使用python socket分发大文件的实现方法,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
    2019-07-07
  • Python 使用 environs 库定义环境变量的方法

    Python 使用 environs 库定义环境变量的方法

    这篇文章主要介绍了Python 使用 environs 库来更好地定义环境变量,本节我们以 Python 项目为例,说说环境变量的设置。通过实例代码给大家介绍的非常详细,具有一定的参考借鉴价值,需要的朋友可以参考下
    2020-02-02
  • Python sep参数使用方法详解

    Python sep参数使用方法详解

    这篇文章主要介绍了Python sep参数使用方法详解,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友可以参考下
    2020-02-02
  • python 瀑布线指标编写实例

    python 瀑布线指标编写实例

    这篇文章主要介绍了python 瀑布线指标编写实例,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
    2020-06-06
  • 浅谈在django中使用redirect重定向数据传输的问题

    浅谈在django中使用redirect重定向数据传输的问题

    这篇文章主要介绍了浅谈在django中使用redirect重定向数据传输的问题,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
    2020-03-03
  • Python数据可视化:幂律分布实例详解

    Python数据可视化:幂律分布实例详解

    今天小编就为大家分享一篇Python数据可视化:幂律分布实例详解,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
    2019-12-12
  • python 整数越界问题详解

    python 整数越界问题详解

    这篇文章主要介绍了python 整数越界问题详解,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧
    2019-06-06
  • python 接口_从协议到抽象基类详解

    python 接口_从协议到抽象基类详解

    下面小编就为大家带来一篇python 接口_从协议到抽象基类详解。小编觉得挺不错的,现在就分享给大家,也给大家做个参考。一起跟随小编过来看看吧
    2017-08-08

最新评论