Linux服务器安装pytorch和scanpy流程

Linux安装pytorch和scanpy

装了六天，终于装上了，含泪记录

最近在看一篇论文，准备跑一下他的开源代码，依赖的包如下：

最终版安装Tips

• 1.新建环境并激活：

conda create -n env_name python=3.8.1
conda activate env_name

• 2.安装pytorch，要对应好自己的CUDA版本，最好参考官网的安装命令：

conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia

上面的命令会将numpy一起安装了。

• 3.安装scanpy：

conda install -c conda-forge scanpy python-igraph leidenalg

上面的命令会把hdf5、h5py、pandas、scipy、sklearn一起安装了。

• 4.检验是否安装成功：

安装辛酸史

向大家展示一下我艰难的安装之旅：

• 在我的电脑的conda新建一个环境，然后挨个安装。安装的时候严格按照每个包的版本号来安装的，但是在安装的时候h5py装上了就是import不了，遂删除环境。
• 单独在电脑上安装了hdf5，再重新安装新的环境，h5py能用了，但在pycharm中用该环境跑代码时，import scanpy老是报错，说是元组冲突，遂删除环境。
• 创建一个新环境，首先直接安装scanpy，发现在安装的时候h5py、numpy、sklearn这些包也一并安装上了，再安装pytorch就行了。再运行代码，import部分终于过了，可是我安装的pytorch是CPU版本的，跑不了，并且电脑没有NVIDIA显卡，遂放弃用电脑安装，转战实验室的服务器。
• 在服务器上按照上述步骤重新安装，但安装完scanpy，再安装1.6.0的pytorch，conda就显示conflict，只能安装更高版本的pytorch，但CUDA版本是10.1，它所支持的pytorch包都conflict了，遂删除环境重新安装CUDA至11.7（这个安了一天还是没弄好，请师兄帮忙才弄好的）。

• 创建一个新环境，先安装scanpy，再安装pytorch，这下该好了吧？哼哼！结果确实能import，但pytorch的cuda还是不能用啊啊啊啊_(:зゝ∠)_（之前在服务器上装也是不能用，还以为只是cuda版本的问题），遂删除环境。

• 创建一个新环境，先安装pytorch，再安装scanpy（其余的包在安装这俩的时候也安上了，也不用担心包冲突了），终于能用了，撒花！

总结

以上为个人经验，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持脚本之家。

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